Lesión

La estructura celular de una manzana se rompe cuando se aplica presión, lo cual resulta en una magulladura. Las magulladuras empiezan el proceso de pudrición. Las naranjas también están sujetas a las lesiones, incluso con sus pieles notablemente gruesas. Pueden ocurrir mientras están en el árbol debido a insectos o a condiciones extremas. Demasiada absorción de agua causa que la piel de una fruta que no está creciendo más se rompa. Las lesiones después del cultivo son usualmente debidas a un mal manejo, almacenamiento inapropiado o por insectos.

Hongos y enfermedades

La Universidad de Texas señala diferentes variedades de manzanas que están sujetas a diferentes hongos o enfermedades, como la sarna de la manzana, ampollas y la podredumbre amarga. La podredumbre parda y la negra son un hongo, usualmente el resultado de una lesión mientras la manzana estaba en el árbol. La Universidad Estatal de Washington advierte que las frutas infectadas, aunque estén apropiadamente refrigeradas, pueden desarrollar un decaimiento activo a una fecha tardía cuando las manzanas son reubicadas en temperaturas más calientes. Las naranjas desarrollan moho azul, también conocido como podredumbre de almacenamiento, "la enfermedad de almacenamiento más temida de las frutas cítricas", según el Servicio de Información de Transporte (TIS). Las esporas fúngicas penetran a través de lesiones pequeñas, y son transferidas por el contacto de una fruta con la otra.

Insectos

Una vez los insectos perforan la carne de la fruta, empieza el proceso de pudrición. Los insectos que afectan a las manzanas durante el crecimiento incluyen a los ácaros rojos, a los gusanos y larvas en las manzanas, mientras que los insectos problemáticos en las naranjas incluyen a los pulgones y cochinillas. Las moscas mediterráneas de frutas perforan las naranjas, lo cual causa pudrición y le da a la mosca una ubicación para poner huevos. El TIS señala que las cuarentenas internacionales están en efecto contra este insecto, requiriendo que todas las frutas afectadas sean destruidas.

Humedad excesiva

El almacenamiento seco es necesario para prevenir la pudrición en manzanas y naranjas. La humedad excesiva fomenta el crecimiento de bacterias y de moho, los cuales penetran las pieles. Durante el transporte, el TIS afirma que la fruta tiene que ser protegido de todas las formas de humedad, incluyendo la condensación ya que todo esto "promueve el moho verde y azul, como también la pudrición negra".

Ventilación inadecuada

Las manzanas y naranjas emiten gases que le ayudan al proceso de pudrición de la fruta original y otras frutas cercanas. Incluso después de que la fruta haya sido cosechada, continuará "respirando" oxígeno y emitiendo dióxido de carbono y/o gas etileno. Las manzanas producen gas etileno, según la Junta Estatal de Manzanas de Virginia, el cual puede usarse para ayudar a otras frutas a pudrirse más rápido. El TIS recomienda mantener un "suministro continuo de aire fresco", de lo contrario "la fruta cítrica empezará a fermentarse dentro de unas cuantas horas debido a la respiración anaeróbica", resultando en pudrición.

Temperaturas excesivas

Aunque es raro, los rápidos cambios de temperatura dañan a las manzanas y naranjas mientras están en el árbol, pero la más grande amenaza ocurre durante el transporte y almacenamiento. Las manzanas requieren una temperatura fría para almacenarlas y están bien bajo refrigeración. Las naranjas son sensibles al frío pero pueden soportar la refrigeración con tal que la pulpa no esté a menos de 36 grados Fahrenheit, según la Extensión de la Universidad Estatal de Ohio. Ambas frutas pueden tener daño celular y empezar a pudrirse después de la introducción a temperaturas heladas o calor extremo.