Disponibilidad

La amplia disponibilidad y relativamente bajo precio del amonio cuaternario es una de sus mayores ventajas. El desinfectante se puede comprar en forma concentrada que se diluye cuando se necesita, en mayor tamaño listo para usar botellas pre-diluidas e incluso en forma de toallita desechable.

Toxicidad

Una de las ventajas de los desinfectantes de amonio cuaternario es que no dañan la ropa y alfombras de la forma en que lo hace la lejía. Tampoco son corrosivos para las tuberías de metal y otras superficies, otra ventaja sobre la lejía. Aunque en su forma diluida de amonio cuaternario se considera que es lo suficientemente seguro para usar sin precauciones de más, como máscaras, gafas y guantes, INCHEM advierte que puede causar quemaduras en la piel y las membranas mucosas, en su forma no diluida.

Materia orgánica

Cuando amonio cuaternario se mezcla con la materia orgánica, pierde su eficacia. Esto hace que sea un desinfectante ineficaz en situaciones donde la sangre, orina, materia fecal o tierra pueden estar presentes. Por esta razón, sólo se utiliza en superficies no críticas, como pisos y barandillas en los hospitales en lugar de las superficies críticas, como instrumentos que pueden entrar en contacto con la piel lesionada. El agua dura es también una preocupación y se debe probar antes de usar un amonio cuaternario como desinfectante porque pierde efectividad en la solución con agua dura. Los paños de algodón u otro material orgánico no deben ser utilizados para difundir el desinfectante porque reducen su eficacia.

Microorganismos gramnegativos

Más temprano que tarde los desinfectantes de amonio cuaternario son todos ineficaces para matar bacterias gramnegativas como E. coli y Salmonella. Esta es una de las razones que los científicos han seguido para desarrollar y probar las nuevas versiones de amonio cuaternario. Aunque un estudio de 1999 realizado por el Departamento de Salud Animal tuvo éxito con N-duopropenida contra ciertos microorganismos gramnegativos, el progreso ha sido limitado y los desinfectantes de amonio cuaternario no deben ser usados para matar bacterias gramnegativas a menos que certifiquen expresamente que lo hacen.