Muchos organismos, incluidos los seres humanos, comen algas por sus nutrientes. En muchos ecosistemas, las algas son la base de la pirámide alimenticia. Los microorganismos se alimentan de algas y a su vez los comen pequeños peces y otras criaturas. Incluso los animales grandes, como las ballenas, se alimentan de plancton, un tipo de alga marina. Tener una población de algas en un lago o estanque proporciona a las criaturas acuáticas los nutrientes que necesitan para sobrevivir.

Ciertos tipos de algas pueden proporcionar beneficios para la salud en los seres humanos. En un estudio de 2005 publicado en el "Journal of Medicinal Food", los investigadores de la Universidad de California en Davis, encontraron que el consumo de la espirulina, un tipo de alga, mejora los síntomas de la fiebre del heno. Las algas también reducen el colesterol total, elevan los niveles de HDL, el colesterol bueno, reducen los niveles de los triglicéridos y mejoran la presión arterial, según un estudio del 2007 de la revista "Lipids in Health and Disease".

Muchos científicos esperan convertir a las algas en una fuente de energía que pueda sustituir al petróleo. El procesamiento de las algas produce combustible biodiésel, que se utiliza como una alternativa a la gasolina en los automóviles. La gente también hace biocrudo de algas para crear un recurso renovable equivalente al petróleo. Las algas crecen más rápidamente que los cultivos de tierras convencionales utilizados para la producción de biodiésel, por lo que las algas son una fuente potencial de energía.

Una desventaja de las algas en un cuerpo de agua es su impacto negativo en la claridad del agua. Las algas forman a menudo una capa de verdín en la parte superior de los lagos y estanques, reduciendo la capacidad de la luz solar de atravesar la superficie del agua. Aunque esto permite que las algas se desarrollen, otros organismos acuáticos dependen de la luz solar para sobrevivir. En algunos ecosistemas, sin embargo, la claridad del agua reducida debido a las algas proporciona la sombra tan necesaria para las criaturas acuáticas.

Las algas pueden tener un efecto negativo sobre la química del agua. La actividad metabólica de las algas reduce los niveles de oxígeno en el agua durante la noche, lo cual puede afectar a la supervivencia de los peces y otros organismos. Las algas también causan fluctuaciones en el nivel del pH del agua, convirtiéndolo en más ácido o básico de lo normal. Las alteraciones significativas en el pH pueden ser peligrosas para las criaturas acuáticas.